सबसे पहले, हालांकि दोनों प्रकार के जल शोधक पानी की अशुद्धियों को शुद्ध कर सकते हैं, लेकिन उनके शुद्धिकरण सिद्धांत समान नहीं हैं। आरओ रिवर्स ऑस्मोसिस जल शोधक अंदर एक आरओ रिवर्स ऑस्मोसिस झिल्ली से सुसज्जित है। दबाव की क्रिया के तहत, पानी आरओ झिल्ली से गुजर सकता है, जबकि अकार्बनिक लवण, भारी धातु आयन, बैक्टीरिया और वायरस जैसी अशुद्धियाँ रिवर्स ऑस्मोसिस झिल्ली द्वारा अवरुद्ध हो जाती हैं।

अल्ट्राफिल्ट्रेशन जल शोधक अपने आंतरिक अल्ट्राफिल्ट्रेशन झिल्ली के माध्यम से जल स्रोत को शुद्ध करते हैं। दबाव अंतर के दबाव के तहत, जल स्रोत झिल्ली की इस परत से गुजर सकता है और अशुद्धियों को फ़िल्टर कर सकता है।

दो प्रकार के जल शोधक, जो विभिन्न शुद्धिकरण विधियों का उपयोग करते हैं, उनके सिद्धांतों के अनुसार शुद्धिकरण परिशुद्धता में कुछ अंतर होते हैं। आरओ रिवर्स ऑस्मोसिस वॉटर प्यूरीफायर के अंदर एक आरओ झिल्ली होती है, और इस झिल्ली के छिद्र नैनोमीटर स्तर जितने छोटे होते हैं। यहां तक ​​कि छोटे वायरस और बैक्टीरिया भी आरओ झिल्ली के छिद्रों से हजारों गुना बड़े होते हैं। इसलिए, आरओ झिल्ली से गुजरने वाले पानी में मूल रूप से केवल पानी होता है और कोई अन्य तत्व नहीं होता है, और फ़िल्टर किए गए पानी को सीधे या उबालकर पिया जा सकता है।

अल्ट्राफिल्ट्रेशन जल शोधक के अंदर एक अल्ट्राफिल्ट्रेशन झिल्ली होती है, और इस फ़िल्टरिंग झिल्ली की छिद्र आकार की सटीक सीमा 0.01 ~ 0.001μm है, जो आरओ रिवर्स ऑस्मोसिस जल शोधक की तुलना में बड़े परिमाण का एक क्रम है। साथ ही, अल्ट्राफिल्ट्रेशन झिल्ली न केवल पानी को गुजरने देती है, बल्कि कुछ छोटे आणविक पदार्थों जैसे कि कुछ खनिज तत्वों को भी गुजरने देती है।